Bồng Sơn xưa thuộc về vương quốc Chiêm Thành. Năm 1470 vua Lê Thánh Tông xuất quân đánh Chiêm Thành, chiếm được thì đặt thành huyện Bồng Sơn. Tên gọi Bồng Sơn vì đó đã có từ hơn 500 năm nay.

Năm 1826, nhà Nguyễn đặt tri phủ phủ Quy Nhơn lãnh coi 3 huyện Bồng Sơn, Tuy Viễn, Phù Ly. Năm 1832 thì chia huyện Phù Ly thành hai huyện Phù Cát và Phù Mỹ đều thuộc phủ Hoài Nhơn như năm trước, coi cả huyện Bồng Sơn. Năm 1890, đặt châu Hoài Ân ở thượng du huyện Bồng Sơn.

Sau năm 1975, Bồng Sơn là một xã thuộc huyện Hoài Nhơn và là huyện lỵ huyện Hoài Nhơn.

Ngày 19 tháng 2 năm 1986, chia xã Bồng Sơn thành thị trấn Bồng Sơn và xã Hoài Tiến.[1]

Ngày 3 tháng 6 năm 1993, xã Hoài Tiến đổi tên thành xã Bồng Sơn Tây.

Ngày 11 tháng 7 năm 1994, sáp nhập xã Bồng Sơn Tây vào thị trấn Bồng Sơn.

Ngày 9 tháng 1 năm 2011, Bộ Xây dựng công nhận thị trấn Bồng Sơn là đô thị loại IV.[4]

Ngày 22 tháng 4 năm 2020, thành lập phường Bồng Sơn thuộc thị xã Hoài Nhơn trên cơ sở toàn bộ 17,39 km2 diện tích tự nhiên và 18.390 người của thị trấn Bồng Sơn.[2]